PTFE-MBR膜生物反應器存在以下一些缺點：

1. 投資成本高：

- 膜材料價格貴：PTFE 膜本身的制造成本較高，這使得 PTFE-MBR 系統的初始投資較大。與傳統的污水處理工藝相比，在設備采購、安裝以及基礎設施建設等方面的費用都較高。例如，對于一些小型污水處理項目，采用 PTFE-MBR 技術可能會使投資成本增加數倍甚至更多。

- 配套設備要求高：為了保證 PTFE-MBR 系統的正常運行，需要配備高質量的預處理設備、曝氣設備、抽吸設備等，這些配套設備的成本也會增加整個系統的投資。

2. 膜污染問題：

- 污泥沉積：MBR 系統中的活性污泥容易在 PTFE 膜表面沉積，形成泥餅層，降低膜的通透性。雖然 PTFE 膜具有一定的抗污染性能，但長期運行后，污泥的積累仍然會影響膜的過濾效率。例如，如果污泥濃度過高或污泥的沉降性能不好，就會加速膜污染的進程。

- 有機物污染：廢水中的有機物可能會吸附在 PTFE 膜表面或進入膜孔內，導致膜的堵塞。特別是對于含有高濃度難降解有機物的工業廢水，有機物污染問題可能更為嚴重。

- 生物污染：微生物在膜表面的生長繁殖也是導致膜污染的一個重要因素。微生物會分泌一些胞外聚合物（EPS），這些物質會增加膜表面的粘性，使污泥更容易附著，進一步加劇膜的污染。

3. 能耗較高：

- 曝氣能耗：為了減輕膜污染，需要進行大量的曝氣。一方面，要為微生物提供足夠的氧氣，保證生物處理過程的正常進行；另一方面，曝氣產生的氣流可以沖刷膜表面，減少污染物的沉積。但是，高強度的曝氣會消耗大量的電能。

- 抽吸能耗：PTFE-MBR 系統需要通過抽吸泵將處理后的水抽出，由于膜的過濾阻力較大，抽吸泵需要消耗較多的能量來克服阻力，從而增加了系統的能耗。

4. 運行維護復雜：

- 膜清洗頻繁：由于膜污染的存在，需要定期對 PTFE 膜進行清洗。清洗過程包括物理清洗（如反沖洗、氣洗等）和化學清洗（使用化學藥劑去除膜表面的污染物）。頻繁的清洗不僅增加了運行維護的工作量，還會縮短膜的使用壽命。

- 系統監控要求高：PTFE-MBR 系統的運行需要對多個參數進行實時監控，如膜通量、跨膜壓差、污泥濃度、溶解氧等。一旦某個參數出現異常，就可能影響系統的正常運行。因此，需要配備專業的技術人員和先進的監控設備，這也增加了系統的運行維護成本。

5. 對預處理要求嚴格：

- 進水水質要求高：為了避免膜的損壞和污染，PTFE-MBR 系統對進水的水質要求較高。需要對原水進行嚴格的預處理，去除其中的大顆粒物質、懸浮物、油脂等雜質。否則，這些雜質會對膜造成機械損傷或堵塞膜孔。

- 預處理工藝復雜：為了滿足進水水質的要求，需要采用多種預處理工藝，如格柵、沉砂、沉淀、過濾等。這些預處理工藝的增加，不僅提高了系統的投資成本，還增加了運行管理的難度。